RDA图解读

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【论文精读】Effects of Artificial Reefs on the Macrobenthic Community Structure Through Functional Trait Analysis|论文精读 图10

🧭 什么是RDA图?

RDA(Redundancy Analysis)图是典型的约束排序(constrained ordination)方法。它是在PCA的基础上加入环境变量,探索生物群落响应变量与环境因子的相关性。RDA图的核心目的是:

解释“哪些环境因子驱动了群落结构或功能的变化?”


🧩 RDA图包含哪些元素?

图像元素 含义
🔴 红色箭头 生物群落的响应变量,如:功能性状、物种、多样性指标
🔵 蓝色箭头 环境解释变量,如:温度(Temp)、DO、pH、金属污染等
黑色点 群落样本点,如每个采样站位/时间点
坐标轴(RDA1, RDA2) 主成分轴,代表被解释的最大方向的变化梯度

🎯 一步步教你怎么看懂RDA图

✅ 第一步:看坐标轴的解释率

  • 例如:RDA1 (46.5%),RDA2 (21.3%) → 说明前两个主轴能解释生物群落变异的总和为 67.8%

  • 解释率越高,图越可靠。


✅ 第二步:看箭头颜色与身份

  • 🔵 蓝色箭头 = 环境因子,是自变量
  • 🔴 红色箭头 = 响应变量(生物学指标、功能性状、群落特征),是因变量

✅ 第三步:分析箭头方向(象限位置)

RDA图为一个二维坐标系,可分为四个象限:

       ↑ RDA2+  
 Q2    |    Q1 
-------+--------→ RDA1+  
 Q3    |    Q4 
       ↓ RDA2−`

➤ 变量的方向表示什么?

  • 箭头所指方向 = 响应变量在该环境因子条件下数值高的位置
  • 即箭头越“指向哪里”,越说明变量在那一类环境中数值偏高 📌 例:
  • 红色箭头FRic朝着蓝色箭头DO的方向 → 表明FRic与DO呈正相关
  • 若箭头方向相反,则表示负相关

✅ 第四步:分析箭头之间的夹角(变量相关性)

夹角大小 相关性解释
< 90° 正相关,越小越强
≈ 90° 无相关性
> 90°,趋近180° 负相关,越接近180°越强

📌 示例:

  • Temp ↔ F1 夹角约 30° → Temp 与 F1 强正相关
  • Pb ↔ FRic 夹角≈ 150° → Pb 与 FRic 强负相关
  • Depth ⊥ FEve → 几乎无显著关系

✅ 第五步:分析箭头长度(变量权重)

箭头长度 说明
越长 该变量对 RDA 空间解释力越强,影响越大
越短 变量对群落变化解释力弱或无意义

📌 示例:

  • 蓝色箭头 DO 很长 → 表明 DO 是关键环境因子;
  • 红色箭头 SR 很短 → 表明物种丰富度对该主成分影响弱

✅ 第六步:看黑点(样本点)相对位置

黑点代表什么? 含义
每一个黑点 = 一个采样单元 表示群落或功能结构在该站位/时间的“表达位置”
靠近某红色箭头 说明该响应变量在这个样本中表达较高
靠近某蓝色箭头 说明这个样本所处的环境因子强度较高

📌 示例:

  • 黑点样本靠近箭头“FRic” → 说明此样本具有高功能丰富度;
  • 黑点靠近“Pb” → 该站位重金属污染水平较高

✅ 第七步(进阶):比较不同样本之间的相对位置

  • 样本间距离远 → 群落结构差异大
  • 距离近 → 群落结构相似
  • 分布集中在某方向 → 说明受某因子驱动明显
  • 样本点集中但箭头分散 → 响应变量异质性低

✅ 快速总结成口诀:

长箭头主力因,方向代表增减因,夹角说明相关性,黑点靠谁谁受影响。


📊 一张RDA图怎么解读(案例范式):

图中显示 DO 与 FRic 方向一致,说明溶解氧是提升功能丰富度的关键因子;而 Pb 与 FRic 方向相反,意味着重金属污染降低生态位空间。F3(肉食性)靠近 Pb 方向,表明其在污染环境中占据优势,形成支配型群落结构。同时,样本点 A1 和 A2 靠近 FRic,说明这两个站位的功能多样性较高。

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Source: github.com/k4yt3x/flowerhd
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